Председник Европске комисије поставља стратешке смернице које Комисија треба да прати у свом раду. У сарадњи са комесарима, председник одлучује о расподели средстава између генералних директората. Кандидата за председника Европске комисије предлажу владе држава чланица, а његов избор одобрава Европски парламент. Мандат председника Комисије, као и осталих 27 комесара, траје пет година. У свом раду, председник Комисије има помоћ Кабинета (Private Office) и Генералног секретаријата, који је одговоран за организацију рада Комисије, за односе са другим институцијама, те за координацију рада различитих одељења. Председник Европске комисије у периоду 2014-2019. je Жан Клод Јункер, бивши премијер Луксембурга. На тој позицији је заменио Жозеа Мануела Бароза, који је био председик Европске комисије у два мандата у периоду 2004-2009. и 2009-2014.

https://europa.eu/european-union/about-eu/presidents_en#president